Adentrándose en el análisis de las Meditaciones Metafísicas, Gómez Pin también se detiene en la polémica, ya sostenida en el seno de la Escolástica, de la compatibilidad de la omnipotencia divina y el respeto a las tablas de la ley. ¿No podría el Dios omnipotente decidir que el robo o la lujuria fueran virtud? En torno a esta polémica, en la que participaron Tomás de Aquino, Duns Escoto y Guillermo de Okcham, Descartes se planteó si era posible que Dios me engañara, algo que no podía excluir a menos de negar que es todopoderoso. A partir de ahí puede suponer "que hay, no un verdadero Dios -que es fuente suprema de verdad- sino cierto genio maligno, no menos artero y engañador que poderoso, el cual ha usado de toda su industria para engañarme". Así, el sueño, que nos había permitido dudar de la objetividad de la percepción sensorial, no autorizaba a poner en duda las evidencias de la matemática; pero la eventualidad del genio maligno sí puede hacerme dudar de éstas.
De esta duda, como vimos, sólo escapa la intuición del cogito, aunque -señala Gómez Pin- "cabe decir que Descartes fue más afortunado en su descubrimiento que en la manera de exponerlo". En este momento, "el pensamiento se distancia de sí mismo a fin de aprehenderse como tal pensamiento", la subjetividad se constituye en condición de posibilidad de la experiencia. Descartes afirma, recordemos, que piensa, que "es una cosa que duda, que entiende, que afirma, que niega, que quiere, que no quiere, que imagina también y que siente" (Segunda Meditación). No puedo dudar de que en todo momento tengo la cabeza llena de ideas. "Es impensable estar sin pensar; de ahí la certidumbre del cogito", señala Gómez Pin. Aunque, lo más prudente sería que Descartes hubiera dicho "hay pensamientos" sin presuponer la existencia de algo que sustenta esos pensamientos.
Pero la parte más polémica de esta aventura, para Gómez Pin, está en el proyecto de "legitimar el mundo que mediante la duda hiperbólica habíamos perdido", un mundo que reencontramos a partir de la existencia de Dios. Descartes parece considerar que los motivos de la duda extraídos de la hipótesis del genio maligno son "ligeros y por así decirlo metafísicos"; y, además, "Descartes va a servirse del método deductivo (del orden geométrico), para demostrar que Dios no es un genio maligno, cuando en realidad el método deductivo implica ya la certidumbre de que Dios no es un genio maligno". A través de este círculo vicioso, Descartes rompe el solipsismo de la conciencia (fundamento de nuestro conocimiento, pero que no sale directamente al mundo sino a través de la demostración de la existencia de Dios). La idea de Dios posee un atributo, la infinidad, tal que ningún otro pensamiento puede ser su causa. Esa idea, por ello, ha tenido que ser puesta en mi conciencia por una sustancia verdaderamente infinita, pues nosotros somos finitos. Pero, ¿cómo tenemos una idea de lo que no comprendemos? Para Descartes, "no debo juzgar que yo no concibo el infinito por medio de una verdadera idea, sino por medio de una mera negación de lo finito (así como concibo el reposo y la oscuridad por medio de la negación del movimiento y de la luz)". Gómez Pin se pregunta: "¿Una idea que no abarca (no comprende) sus propios contenidos ¿es verdaderamente idea o mera designación de lo que no está presente y no hemos visto?". Ya Leibniz sospechaba de los argumentos cartesianos sobre la existencia de Dios. Frente a los que cuestionaban la posibilidad de que tengamos en absoluto idea de Dios, o los que reconociendo esta idea, no conciben la existencia como una perfección, Leibniz considera que la existencia de Dios es "presumible", que ésta se deduce de su posibilidad (aunque "esta posibilidad está todavía por demostrar"): "La presunción de la posibilidad de Dios puede ser suficiente en la experiencia de la vida, pero no basta para una demostración".
