"Las pasiones del alma" es la última obra publicada por Descartes en vida (1649). Según Descartes era en las pasiones donde "se juega la unión entre el alma y el cuerpo", y que las pasiones sean las apropiadas a esa unión es la clave de "la dicha y la dulzura de vivir".En el estudio preliminar que J. A. Martínez realizó a la edición en Tecnos (1997) de este libro, señalaba que "laa ocasión para llevar a cabo esa más exacta y completa investigación sobre las pasiones, vino propiciada por una petición que le hiciera la joven Isabel de Bohemia, con quien había empezado a relacionarse a partir de 1642, intersada por la unión del alma y el cuerpo, a lo que Descartes respondía en una de sus cartas que el alma humana "estando unida al cuerpo, puede actuar y sufrir con él".
En su libro sobre las pasiones, Descartes estudia la naturaleza, el número y el orden de las pasiones, para pasar después a explicar tanto las primitivas o generales como las derivadas o particulares. En la pasión, como vivencia afectiva interna relacionada y manifiesta en una acción exterior, se produce la confluencia entre la res cogitans y la res extensa (lo que no anula la recíproca irreductibilidad entre ellas). Descartes explica las pasiones mediante leyes físicas y fisiológicas. Comienza explicando las funciones corporales (digestión, respiración, circulación sanguínea...) para pasar luego a analizr las funciones espirituales, que distingue en acciones (volilciones e imaginaciones del alma) y las pasiones (la percepción de tales voliciones y emociones intelectuales).
Descartes señala seis pasiones primitivas: la admiración, el amor, el odio, el deseo, el gozo y la tristeza. Analiza tanto las repercusiones fisiológicas internas observables (cambios en el corazón y la sangre), como las causas fisiológicas internas y los efectos externos. Descartes explica que "mi propósito no ha sido explicar las pasiones como orador, ni tampoco como filósofo moral, sino solamente como físico", a semejanza de cómo las podía haber estudiado un médico.
Durante el siglo XVII, el estatuto conferido a las pasiones dependía de las teorías que sobre la naturaleza humana sostenían, fundamentalmente, las corrientes neoestóica y jansenista. Descartes se sitúa entre ambas posiciones, e intenta "reintegrar a las pasiones al orden natural de las cosas". "Inicia, por tanto, Descartes su investigación sobre las pasiones por una descripción de la fisiología humana, para acabarla con una reflexión acerca de la moral; exponente claro de la situación intermedia y la función intermediaria que las pasiones tienen en el conjunto de la filosofía cartesiana, justificables por esa doble naturaleza suya, que resulta de la unión del alma y del cuerpo".
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