En la introducción a la edición de Alfaguara del "Discurso del Método", Guillermo Quintás señala que Descartes "prefirió sugerir más que exponer con detalle su propuesta", por lo que no debemos formarnos opiniones definitivas en torno a la filosofía cartesiana fundándonos exclusivamente en esta obra. En su Discurso, Descartes expone "la expresión cronológica de una búsqueda en la que su protagonista abandona el cómodo, presuntuoso y poderoso saber de los doctos e incluso el vivir de acuerdo con las opiniones recibidas, para instalarse en las propias y, en ocasiones, provisionales razones". Esta autobiografía intelectual no deseaba dar a conocer sus teorías bajo la forma de una exposición dogmática, sino que propone algo que podría ser imitado por un amplio público que comparte sus intereses.
Descartes plantea en su Discurso un "boceto o resumen" de temas que recibirían su forma y perfiles definitivos en las Meditaciones Metafísicas. "Es claro que su discurso abrigaba como pretensión fundamental la de atraer la atención de sus contemporáneos sobre la nueva filosofía; por ello, Descartes no debía silenciar cuanto concernía a los fundamentos de esta nueva filosofía". "Descartes desea destacar en las páginas de la cuarta (del Discurso) parte que los partidarios de la nueva filosofía debían estar dispuestos a reorientar la metafísica", alejándola de la alianza de Aristóteles con la Biblia (aunque Descartes pretendía permanecer alejado de la teología y de cualquier debate). Descartes incluyó esta cuarta parte en los momentos finales de su publicación, lo que aduce para justificar "la escasa elaboración de esta parte".
En la Meditaciones Metafísicas, que publica en 1641, cuatro años después de su Discurso del Método, Descartes desarrolla muchas ideas apenas esbozadas anteriormente (con respuestas a las objeciones que previamente le habían planteado). Así, en la primera meditación, expone las razones "por las cuales podemos dudar en general de todas las cosas, y en particular de las cosas materiales". Y ello "por cuanto nos libera de toda suerte de prejuicios, y nos prepara un camino muy fácil para acostumbrar nuestro espíritu a separarse de los sentidos". En la segunda meditación, expone cómo la conciencia debe reconocer como imposible que ella misma, sin embargo, no exista (con lo cual, según Descartes, permite diferenciarla del cuerpo). En la tercera meditación, explica extensamente "el principal argumento del que me sirvo para probar la existencia de Dios". En la cuarta, quedaría probado, según Descartes, "que todas las cosas que conocemos muy clara y distintamente son verdaderas". En la quinta meditación, explica la naturaleza corpórea en general y vuelve a demostrar la existencia de Dios con nuevas razones. Por último, en la sexta, distingue el acto del entendimiento del de la imaginación: "Muestro que el alma del hombre es realmente distinta del cuerpo, estando, sin embargo, tan estrechamente unida a él, que junto con él forma como una sola cosa".
En la comparación que Descartes hace en Principios de la Filosofía entre las diversas partes del saber y las de un árbol, la metafísica viene a realizar la misma función respecto al conjunto del saber que las raíces de un árbol respecto a éste. En este árbol, la física sería el tronco, el resto de las ciencias serían las diversas ramas; y las aplicaciones surgidas de las ciencias, los frutos. En esta comparación parece claro que se niega a la física la capacidad de autofundamentación, mientras que la metafísica trataría de aquello que hace posible el saber.
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